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火之國木葉忍者村的漩渦鳴人，春野櫻和奈良鹿丸接得找尋雪貂奈魯格的任務。途中被提姆西所襲擊，提姆西使用的力量叫蓋倫，提姆西與鳴人戰鬥途中雙雙掉下山 谷被商旅所救，商旅的老伯指出奈魯格只會跟商旅的人親近，奈魯格卻親近提姆西。小櫻和鹿丸在尋找鳴人中遇見一座移動要塞，鹿丸獨自進入要塞，發現要塞的士 兵是人類改造而成的。 蓋倫礦脈的蓋倫力量被釋放出來，商旅的老伯指出只有擁有王族之血的提姆西可以發動古老術式召喚「時空之穴」毀滅蓋倫礦脈。提姆西召喚「時空之穴」後被鳴人所救…...

朝倉市長收到一封神秘的恐嚇信，內容為：「對於你那4年執政中桀驁不馴的態度，上天將給予懲罰！」。隔天，由市長主導開通的新地下鐵隧道遭到炸毀。雖然多虧柯南知道恐嚇信而使得這次爆破事件沒有人員傷亡，但是奪取市長性命失敗的犯人勢必將再次犯案，並帶來更大的災害，調查朝倉市長歷年事政的柯南，察覺到極有可能是在國土交通大臣時代所推動的水庫建設案中，懷有恨意的犯人就在那相關關係人等之中，因此決定進行深度搜查。 因為水庫的建造，沉入湖底的新潟縣北之澤村村民遷移到鄰近土地已有5年了，在這5周年紀念的日子裡聚集了許...

身為黑衣組織一員的科學家宮野志保（代號雪莉），開發出了神秘的毒藥APTX4869。那就是讓工藤新一變小的藥！但是，黑衣組織殺了她的姊姊明美，因此雪莉決定背叛組織，自己也吞下了APTX4869。服藥後身體縮小的她，化名為灰原哀，隱藏起真實身分。雖然只有一點點，但黑衣組織確實在她的心裡蒙上了一層陰影。 糟糕的是，她再次與黑衣組織的幹部‧琴酒打照面，面臨性命危急的「與黑衣組織的再會」；在碰上巴士挾持事件的車上，感受到組織成員氣息，有著赴死決心的「神秘乘客」；以及故事的最高潮，在豪華列車內，被逼到驚險...

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